DEVOPS Engineer Datamanagement Humane Genetica at Leiden University Medical Center

DEVOPS Engineer Datamanagement Humane Genetica

Vacaturenummer: D.20.MH.RD.55

Functiecategorie: onderzoek & onderwijs

Urenomvang dienstverband: fulltime

Aantal uur: 36 uur per week

Soort dienstverband: tijdelijk

Lengte dienstverband:  min. 1 jaar

Opleidingseis: HBO/WO

Salaris: max. € 4.200,-

Sluitingsdatum: 29-11-2020

 Je functie

Ben je DEVOPS engineer en op zoek naar een uitdagende baan in de diagnostiek? Wil jij binnen je vakgebied met jouw kennis en ervaring je steentje bijdragen aan wetenschappelijk onderzoek? Dan ben jij de kandidaat waar onze afdeling Humane Genetica naar op zoek is.

In het kort

·       Je werkt mee aan het ontwikkelen en implementeren van nieuwe data-analysemethodes

·       Je ontwerpt, ontwikkelt en onderhoudt een framework voor datamanagement

·       Je kunt conceptuele ideeën overbrengen en omzetten naar een praktische uitwerking

·       Je ben in staat verschillende belangen tegen elkaar af te wegen en prioriteiten te stellen

·       Je voelt je thuis in een omgeving waarin bouwen en vernieuwen centraal staan

Wat ga je doen?

Door de toenemende complexiteit in computersystemen en de strenge wet- en regelgeving speelt jouw expertise een grote rol in het datamanagement van Nederlands- en internationaal onderzoek. Als DEVOPS engineer ontwerp, ontwikkel en onderhoud je een framework dat zorgdraagt voor het opstarten en monitoren van productiematige data-analyseprocessen. Je richt een datamanagementsysteem (DMS) in op basis van iRODS en je ontwikkelt specifieke modules binnen dit DMS. Vervolgens zorg je voor een ontwerp en ontwikkeling van koppelingen tussen het DMS en een high performance computing (HPC) omgeving. De producten die jij ontwikkelt, dragen bij aan zowel diagnostiek als het beantwoorden van wetenschappelijke vraagstellingen. Jouw producten worden namelijk gebruikt door laboratoriumspecialisten en LUMC-onderzoekers voor het ontdekken van nieuwe inzichten in medische behandelingen. Dit betekent dat je voor de gebruikers van de door jouw ontwikkelde systemen/programmatuur een actuele documentatie opstelt en dat je je kennis deelt met domeinexperts en het management.

Je werkplek

De afdeling Humane Genetica is een breed georiënteerde onderzoeksafdeling, geleid door prof. dr. Silvère van der Maarel. Het onderzoek richt zich op de (epi)genetische aspecten van monogene, multifactoriële en verworven ziekten, en de vertaling naar klinische toepassingen. Onze afdeling bestaat uit 23 onderzoeksgroepen die zijn ingebed in vier overkoepelende onderzoeksthema's. Jij komt te werken in de onderzoeksgroep ‘Research Software Engineering/Bioinformatica’. Deze groep houdt zich onder andere bezig met de ontwikkeling van nieuwe data-analysemethodes en de implementatie van deze methoden in de diagnostiek. Binnen je functie werk je voor de ontwikkeling en professionalisering van data-analyseprocessen nauw samen met domeinexperts en bioinformatici van verschillende afdelingen. Voor het implementeren van productiematige data-analyseprocessen werk je samen met het Clusterbeheer HPC. Met domein- en netwerkarchitecten werk je samen voor de ontwikkeling, plaatsing en beveiliging van het DMS en de bijbehorende koppelingen. Op projectbasis werk je met bioinformatici en statistici voor de beantwoording van wetenschappelijke vraagstellingen.

Carrière in het LUMC

Het LUMC faciliteert jou bij het onderhouden en ontwikkelen van je kennis en vaardigheden. Hiervoor bieden wij onder andere interne opleidingen en bijscholing aan. Maar ook persoonlijke ontwikkeling, mobiliteit en loopbaanadvies maken deel uit van deze afspraken.

Wat vragen wij?

Wij zoeken een kandidaat met een hbo of wo-opleiding op het gebied van de informatica. Je hebt ruime IT-kennis, ervaring met Linux en je hebt eerder gewerkt met IT-automatiseringssoftware zoals Ansible. Verder heb je ervaring met HPC clusters en virtualisatiesoftware. Je hebt kennis van HPC workflowsystemen, denk hierbij aan SnakeMake. Je beheerst hogere programmeertalen zoals Python en scriptingtalen zoals Bash. Web-gebaseerde services, waaronder webAPI’s en encrypties, zijn voor jou bekend terrein. Als je daarnaast kennis hebt van compartimentalisatiesoftware (zoals Docker of Singularity) dan is dit mooi meegenomen. Verder heb je voldoende kennis en flexibiliteit om je snel te kunnen inwerken op andere programmeertalen en IT-systemen. Je bent in staat om verschillende belangen tegen elkaar af te wegen en waar nodig kan confronteren met behoud van de relatie. Je bent diegene die tussen de wensen van verschillende partijen zoals gebruikers, onderzoekers, artsen en IT’ers, balans vindt waarbij je gebruik maakt van je kennis van IT, zorg, onderzoek, datamanagement en HPC. Je kunt je gelijktijdig in verschillende onderwerpen verdiepen en je bent in staat onder druk te werken en prioriteiten te stellen. Je hebt uitstekende communicatieve vaardigheden en kunt zowel in teamverband als zelfstandig werken.

Meer informatie

Voor deze vacature worden referenties opgevraagd.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld. 

Join the premier life sciences park in the Netherlands. We’d love to have you on board!

Join us